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《屈光学》的其余部分系根据笛卡尔关于官能生理的一般理论研讨眼解剖学和视觉。它论述了怎样用牛眼的实验来表明视网膜像的形成，以及怎样说明眼睛通过施压力于晶状体而进行调节。在介绍用透镜来矫正视力时，笛卡尔主张把透镜制成椭圆或者双曲截面而不是圆截面，以消除缺陷；他还描述了研磨镜片用的机械。在《气象学》（les m t ores）中，笛卡尔给予虹和霓以说明，把前者归结到光在雨点里面的二次折射和一次反射，把后者归结为二次折射和二次反射。这个解释是他用玻璃球中的光线折射的实验加以证明的。
笛卡尔关于光学定律的证明是不能令人信服的，尤其因为这些证明把那时传播的压力同一个以有限而可变的速度运动的物质相比较，让人难以接受。但笛卡尔在他的《哲学原理》中提出的磁学理论却是第一个科学的磁学理论，并成为他的漩涡体系的一部分。
笛卡尔解释了宇宙漩涡的每一极怎样才有大量粒子流向中心，其形状有如螺杆，它们的螺级有两个相反的方向，视粒子来自漩涡的一极还是另一极而定。从一个极来的粒子进入漩涡中央的恒星，并经由微孔而穿过这些恒星；这些微孔形状有如螺母，它们的转动方向务使这些粒子在随着漩涡转动时能自由向前通过。这股粒子流到达恒星的对面时，与来自相反极的另一股粒子流交会，然后这些粒子流在外面环绕这恒星运行。他们尽量地重新进入这恒星，重复以前的环行，而残余部分则散落在外面。来自另一极的粒子的行为与此相似，因此这恒星成了两股相向运行的粒子环流的中心。甚至当这恒星退化成行星（例如地球）时，这种状况仍在某种程度上持续着。然而，只有在这行星的块状内层那部分里，微孔才保持开放，该部分基本上由天然磁石或者铁组成。这样，天然磁石容许这些粒子通过去，同任何物质只发生最低限度的干预，为此，这些粒子被粒子流的动量定向在最有利的位置上。而且，每块磁石都成为一股微小粒子环流的中心，其行程可借助铁屑来描绘。这些粒子也倾向进入相邻的天然磁石；于是，通过驱除两块磁石之间的空气，它们使这两块磁石一起运动。同天然磁石中的微孔不一样，铁里的这两种微孔很容易互相交换它们的性质。因此一块磁铁的极性很容易反转。
笛卡尔利用这些方法解释了物理世界是由广延和运动〃通过渐次的和自然的手段〃而形成的。他的阐释简述如下。因为物质世界中是没有真空的，所以物质唯一可能的运动是圆运动或漩涡运动。当上帝把运动赋予物质时，不计其数一切形状和尺寸的物质漩涡便以各种速度开始运动。密包物体的运动所引起的摩擦从许多这种物体上磨掉精细微粒，使它们变得光滑而呈球形。这些精细微粒即磨擦物构成〃第一物质〃即最精微的物质，后者趋向于每个漩涡的中心，在那里形成自发光的太阳和恒星。由于磨擦而同〃第一物质〃分离的那些光滑的球状粒子构成〃第二物质〃，后者趋于离开漩涡的中心，沿直线向周围运动，形成透明的天空，发送发光星球的光。还有更粗糙的〃第三物质〃，即由原始粒子抵抗一切为摩擦所引起的损失而形成的极大块团；所有不透明的物体，诸如地球和其他行星及慧星都由它构成。在他的《哲学原理》中，笛卡尔把行星和慧星的形成解释如下。随着一个漩涡的精细微粒通过旋转着的球状粒子间的间隙，它们被捕获，形成沟道并扭绞起来，而当它们达到漩涡中心的恒星物质时，它们在其上形成壳或〃太阳黑子〃。这有时引起这恒星的膨胀力减小，因而为另一个漩涡所压倒。如果这带硬壳的恒星的速度和这入侵的漩涡的某个部分速度相等，那么这恒星将留在那里，继续在该漩涡中旋转。在这种情形下，它是一个行星。但是，如果这带壳的恒星的速度大于入侵漩涡的速度，则这恒星将离开该漩涡而进入另一个漩涡，继续在漩涡之间漂游，并将称为慧星。太阳系的各个恒星就是已为太阳的漩涡所席卷的那些带壳恒星及它们各自的漩涡。
笛卡尔利用这些方法成功地解释了几乎所有当时已知的磁现象。他的理论虽然充斥任意的假设，但在力学上是可以理解的，而且在某种意义上还预示了现代磁感应概念。在心理学方面，笛卡尔的兴趣主要是按照他的一般哲学来解释〃情感〃。笛卡尔把凡是心灵显然不是完全自我能动而是受肉体影响的经验统称为〃情感〃，它包括感觉、知觉、记忆、想象和一切偶然的观念以及感情和情绪。但我们仅介绍他对情绪经验的论述。笛卡尔认为，对象之所以能够引起我们的情感，并不在于它们本身怎样，而是由于它们对我们的意义。〃引起感觉的客体所以激起我们不同的情感，并不是因为它们中存在种种差异，而只是因为它们以不同的方式损害或帮助我们，或者一般地对我们具有某种重要意义〃。我们每个人都有许多不同的情感，但基本上可以概括成六种，其余的都是这些基本情感的变种或组合。这六种基本情感是惊奇、喜爱、憎恨、欲望、快乐和悲哀。〃惊奇是灵魂的突然惊异，它使灵魂努力注意地考虑灵魂感到稀奇古怪的客体。〃〃喜爱是精神运动所引起的灵魂的一种情绪，它促使灵魂自愿地和灵魂感到合意的客体相结合，而憎恨也是精神引起的一种情绪，它促使灵魂想望脱离灵魂认为有害的客体〃。〃快乐是灵魂的一种愉快的情绪，它构成灵魂在善中找到的欢乐，而头脑的印象把这种善向头脑描绘成属于头脑自己的〃。〃悲哀是一种不愉快的消沉，构成灵魂从邪恶或瑕疵中感受到的不舒服和不安，而头脑的印象把这邪恶或瑕疵作为属于头脑的东西放在头脑前面。〃这五种基本情感的作用是〃促使灵魂同意采取和贡献于能够利于维护肉体或使肉体以某种方式更臻完善的活动〃。例如，悲哀是痛苦引起的，它警告我们有某种有害于肉体的东西，而快乐标志着使我们愉快的那个事物是有益的。至于初级的或者说导出的情感，笛卡尔把单纯的感情、友好和热爱说成是三种喜爱，根据我们认为一个客体不如、相近还是胜于我们自己而定。希望是对达致所欲求的善的信心；恐惧是对所欲求的结果缺乏自信。信心是希望的最高形式；绝望是极端的恐惧。勇敢是这样的希望，它引导我们尽很大努力以在重重困难之下达到某个欲求的目标。还有轻蔑、妒忌、怜悯等等。他说：〃轻蔑是一种和憎恨交并的欢乐，它发端于我们在某人身上觉察到某种轻度邪恶，而我们又认为他确有此恶〃。〃妒忌是一种和憎恨交并的悲哀，它发端于我们看到有人良善降身，而我们又认为他们不配享受这善〃。〃怜悯是一种和对人的钟爱或善意交并的悲哀。我们看到这些人蒙受了某种邪恶，而我们又认为他们不应该如此〃。笛卡尔是世界史上的著名人物，但是他只过了普普通通的一生。在他的一生中，并没有什么轰轰烈烈的壮举激荡人心，也没有什么可歌可泣的事迹供人凭吊。他只是把自己的全部精力贡献给了科学。
他不是声名煊赫的神学博士，连教授也没有当过，但是有很多学友，很多门人。他的教学活动和他的�