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国运动失败原因，传统的看法认为：由于太平天国的敌人特别强大，运动必然失败。茅先生则从太平天国对外关系的角度，对此问题作出新的解释：即在1862年1月以前，太平天国面临的仍是满清政府一个敌人，而不是满清政府与帝国主义两个敌人，直至1862年初，清政府才与外国帝国主义相勾结，共同剿杀太平天国运动。茅先生这个论断建立在充分详实的中外文史料之上，因而受到近代史学界的普遍重视。
二、探索历史研究的新思路与新方法
“文革”结束后，史学界逐渐摆脱过往几十年“左”的教条主义的束缚，思想解放运动的展开带来了近代史研究的繁荣局面，随着对外开放的扩大，西方各种史学思潮与研究方法也陆续被介绍到国内，茅先生的研究也进入到一个新的硕果迭出的阶段。在以往太平天国史研究的基础上，茅先生大大开拓了此领域研究的深度与广度，并且率先提倡、亲自参与、组织了长江中下游六城市现代化进程研究、中华民国史研究和当代台湾研究等多学科领域的建设。
在新的历史条件下，茅先生就历史学一系列重大问题进行了新的探索。其探索不仅着眼于如何吸取几十年教条主义禁锢的教训，还在于总结出面向未来的历史学研究的新思路与新方法。围绕这些问题，茅先生在近20年中的论述提出了一系列重要的看法。
茅先生认为，史学研究必须有指导思想，但史学研究的指导思想应是多层次的，最高层次应是求实，即实事求是，马克思主义的精髓就是实事求是。在马克思主义指导思想的总原则下，其他社会科学的的理论也是指导思想，方法论也是指导思想，但所有这些，都应服从、符合实事求是。
茅先生的上述见解具有十分重要的意义。长期以来，“左”的教条主义将历史学研究中的马克思主义指导地位孤立化、片面化、神学化，直至将历史研究蜕变为政治实用主义的一种谋略，完全阉割了历史学的灵魂——求真求实，如不彻底摆脱这种思维方式，就根本谈不上在历史研究中坚持马克思主义的指导地位。
坚持马克思主义指导历史研究，并不意味着排斥否定其他学科理论，只要这些学科的理论体现了主观与客观的统一，认识和实践的统一，那么它就符合了实
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事求是的原则，从而也就构成了对历史学研究的指导意义。研究方法也包含在指导思想的范围之内，只是也必须服从“实事求是”的原则。故而历史学的指导思想应是一个开放的、动态的体系，它排斥一切独断、迷信和僵化的教条。
茅先生对历史学研究的又一贡献是他提出的“运用假说是基本历史研究方法”的观点。历史学的根本任务就是探求历史事实，并从中寻找可资后人吸取的经验教训。史学家在分析、概括历史现象的过程中，不可避免会接触到科学的假说方法的运用。茅先生认为，这首先表现为：从大量中料中得出一个结论，而这个过程就是形成假说、修改假说或推翻已形成的假说并重新确立新假说的过程。例如学者们面对大量太平天国的史料，要研究太平天国与地主土地所有制的关系问题，他第一步就需要分析各种史料，然后进行概括，学者们发现在不少地区太平天国没收了地主的土地，又读到《天朝田亩制度》，于是，头脑中就产生了一个看法：太平军采取了废除地主土地所有制的政策。然而这个结论只是一个假说。形成这个假说以后，研究者继续研究史料，又发现太平军保护地主收租的史料，这样又推翻了原有的假说，形成了新的结论。这个新结论仍然是假说。接着，进一步研究史料又发现，太平军虽然保存了地主土地所有制，但是农民往往不愿交租，而太平军基层官员往往不加干涉；有些地方虽然交租，但数额较少，研究者又会修改他的结论而形成新的结论：太平军虽然保存了地主土地所有制，但在许多方面又沉重打击了地主经济。
结论形成了，文章发表了，对作者而言，他相信这个结论是站得住脚的，但他的结论是否符合历史实际，一时还不能确定，就这一点来说，他的结论仍然是一个假说，还需经过多方面的检验。茅家琦先生认为，首先，要有以后陆续发现的史料验证已经提出的假说的正确性。其次，还有待将来学者的认识水平提高以后，是否能够继续确信过去研究结论的正确性。茅先生进而阐明在学术研究中贯彻“百家争鸣”的极端重要性，因为没有百家争鸣，其结果只能是“一言堂”，这就是说，从方法论和认识论上看，在历史研究中也必须贯彻“百家争鸣”的方针。
三、实证与思辩的结合
历史学是一门古老的学科，它的灵魂就是追求再现历史真实，因而它要求研究者高度重视史料的搜集和考辩，所有的论断都必须建立在坚实的资料基础之上。然而历史学又是启迪人们智慧，以供世人鉴往知今的学科，研究者应对历史
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进行评价，从中获取启示。然而在教条主义思想的禁锢下，中国的历史学研究遭遇到许多曲折，“以论带史”或“以论代史”流弊深广，致使出现不少论著，既无实证，也无思想深度，只有枯燥概念的演绎，常令后人有不忍卒读之感。
70年代以后，茅先生针对历史学研究中的这种恶劣倾向进行了深刻反思，从力主史学研究的实事求是，进而发到提出史学研究者应努力追求一种新的境界，即史学家应兼具文献学家的实证精神和哲学家的思辩精神。
茅先生的近代史研究一向以缜密著称，在此基础上，他对一系列重大的理论问题也进行了深入的阐发，将实证与思辩有机地结合起来。
关于历史发展动力的问题，长期以来都是史学家、哲学家讨论的重点。茅先生结合他的多领域的实证研究，提出极有见地的新看法，即推动历史发展的动力是多元的。他指出，历史发展的动力包括经济、非经济、意识形态、文化等多方面的因素，而评价历史进步、事件与人物的标准与标志也是一致的。茅先生提出，一个社会包含了三个组成部分：（1）社会客体，即一个社会的生产力发展与政治民主化发展的水平；（2）社会主体，社会成员自身的科学、文化、道德水平；（3）社会载体，即社会环境、土地、资源、人口、生态等要素。根据这三个方面发展水平，即可对历史事件或历史人物在推动或阻碍社会进步方面所起的作用作出评价。
正是由于茅先生具有不断求索的精神，他对海内外有价值的研究都抱有开放胸襟和虚心接纳的态度。80年代初，茅先生作为中国社会科学界首次访美代表团成员前往美国多所著名大学访问交流，以后又多次应邀赴美、日、澳及香港、台湾地区讲学。茅先生重视国外中国近代史研究，反对历史研究中的固步自封和狭隘保守的态度。八十年代中期，美籍华裔史学家黄仁宇的著作流传到国内，茅先生对黄仁宇的《万历十五年》十分推崇，认为黄仁宇先生提出的“大历史观”对于拓宽历史学研究的思路大有裨益。茅先生进而一再提倡历史学的总体综合研究。他说，传统的研究方法只是针对历史的一个片断进行研究，虽易出成果，但缺少对历史纵向的深入把握。而总体综合研究将微观和宏观、具体分析和综合把握相结合，则更能反映出历史的复杂性和纵深面。茅先生身体力行，在他的孙中山研究、太平天国史研究和中华民国史研究方面，均体现了这两个方面的统一，因而受到史学界的高度评价。
进入90年代，茅先生在继续他的多领域研究的同时，仍然对历史学发展的一些基本问题进行了深入的思考。随着市场化的发展和功利主义思想的流行，历史学似乎又一次面临了危机，人们再次发出疑问，“学习历史究竟有何用”？面对这种情况，茅先生提出“从历史中吸取智慧”的看法。他说，过去学历史，
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